Der heutige Verein wurde Mitte 1896 als „Freie Turngemeinde“ gegründet.
Die Fußballabteilung wurde 1921 etabliert. Senioren und Jugendmannschaft
Nach dem zweiten Weltkrieg wurde die Vereinstätigkeit 1949/50 wiederaufgenommen. Der Vereinsname lautete fortan „Sportgemeinde 1896 Mainz“.
1973 fusionierten die SG 1896 Mainz und die Spvgg. Moguntia Mainz zu einem Verein, was zum bis heute bestehenden Vereinsnamen SC Moguntia 1896 Mainz führte.
1976 erfolgte der Umzug vom Sportplatz „Das Loch“ in der Unteren-Zahlbacher-Straße zum jetzigen Sportgelände an der Albert-Schweitzer-Str. 19, da das Universitätsklinikum räumlich expandierte.
1996 feierte der Verein das 100-jährige Jubiläum des Bestehens.
Im Jahr 2013 wurde auf dem Sportgelände in der Albert-Schweitzer-Straße ein moderner Kunstrasenplatz installiert.
In der Saison 2019/2020 stellte der Verein eine erste und zweite Herrenmannschaft sowie mehrere Jugendmannschaften.